Если приложений нет в списке установленных, в панели управления хостингом, это проблема с кешем. Чтобы исправить, нужно выполнить следующее:
/usr/local/installatron/repair -f --quick mv -f /var/installatron/data.db /var/installatron/data.db.bak20151018 rm -f /var/installatron/data.db-* /usr/local/installatron/installatron --repair --recache /usr/local/installatron/installatron --send-update-report