В PHP используются свои таблицы часовых поясов.
При переводе/отмены перевода летнего/зимнего времени, часового пояса возможно получение некорректного времени. Для решения проблемы можно изменить в php.ini директиву date.timezone на Etc/GMT-3 (пример для зоны Europe/Moscow).
Для этого выполнить
perl -pi -e 's/date.timezone = "Europe\/Moscow"/date.timezone = "Etc\/GMT-3"/g' /usr/local/lib/php.ini
После чего перезапустить Apache командой
service httpd reload