При высоком IO Wait есть смысл выполнить эту команду, чтобы посмотреть список процессов, которые ожидают завершения операций read/write.
# Показать список процессов, которые ждут завершения дисковой операции for x in `seq 1 1 10`; do ps -eo state,pid,cmd | grep "^D"; echo "----"; sleep 5; done
Статья на тему высокого IO Wait:
http://bencane.com/2012/08/troubleshooting-high-io-wait-in-linux/