Оптимизация всех баз данных сразу

mysqlcheck --user=USERNAME --password=PASSWORD --optimize --all-databases

Создать дамп базы

mysqldump -uUSER -p DBNAME > file.sql

Загрузить данные из дампа

mysql -uUSER -p DBNAME < file.sql

Статистика медленных запросов

Установка значений в файл my.cnf для сбора накопления запросов

[mysqld]

log_slow_queries = /var/log/mysql/mysql-slow.log
long_query_time = 5

Анализ накопленных запросов

mysqldumpslow -s c -t 10 /var/log/mysql/mysql-slow.log > top10-by-count.log